Azt, hogy kik okozták a JAT 367-es járat katasztrófáját, mind a mai napig sűrű homály fedi. A légi katasztrófa körülményeit kivizsgáló bizottság megállapította, hogy a DC-9-es lezuhanását a padlószint alatti első raktérbe elhelyezett – még Stockholmban feladott – bőröndbe rejtett időzített pokolgép felrobbanása okozta. A detonáció kiszakította a gép oldalát, a robbanás nyomán kialakult lökéshullám pedig olyan súlyos szerkezeti sérülést okozott, ami miatt kettétört a törzs.
A jugoszláv hatóságok a horvát tagköztársaság elszakadásáért küzdő földalatti Usztasa-mozgalmat nevezték meg a terrorcselekmény felelősének,
bár soha senkit sem vontak eljárás alá a JAT 367-es járatának felrobbantása miatt.
Az illegális horvát szeparatista mozgalom 1962 és 1982 között összesen 128 terrorcselekményt hajtott végre részben katonai, részben pedig civil jugoszláv célpontok ellen. A JAT 367-es járat katasztrófájának napján egy másik terrortámadásra is sor került. A Német Szövetségi Köztársaságból Zárgrábba tartó nemzetközi expresszen robbant pokolgép, a merényletnek hat sérültje volt.
A JAT 367-es járat tragédiájának másnapján egy férfi, aki magát horvát nacionalistának nevezte, felhívta a svéd Kvällsposten napilapot, és felelősséget vállalt a jugoszláv gép felrobbantásáért, de a személyazonosságát soha sem sikerült megállapítani.
A katasztrófával kapcsolatban több összeesküvés elmélet is napvilágot látott.
Az egyik szerint a Jugoszláv Légitársaság utasszállítóját a csehszlovák légvédelem egyik határ menti rakétás egysége lőtte le tévedésből, a másik verzió szerint nem földről indított légvédelmi rakéta, hanem egy csehszlovák MiG-21-es típusú elfogó-vadászgép lőtte le az alacsonyan berepülő, és ezért tévesen ellenséges célpontként azonosított légi járművet.
A katasztrófa során előkerült repülési adatrögzítők (fekete dobozok) hanganyag azonban kizárja ezeket a spekulációkat. Hogy ki, vagy kik álltak a súlyos merénylet hátterében, mind a mai napig nyitott kérdés maradt.