A Nap alsó légkörének (fotoszféra) legfeltűnőbb alakzatai a napfoltok. Méretük igen változó: az apró pórusoktól a több tízezer km átmérőjű hatalmas szerkezetekig terjed. A foltok általában nem magányosak, hanem napfoltcsoportokat alkotnak. A csoportok élettartama átlagosan 2-4 hét.
Egy napfolt két részből áll: egy sötétebb belső régióból (umbra) és egy világosabb színű, szálas szerkezetű külső régióból (penumbra). Az umbra hőmérséklete alacsonyabb, ezért is látszik sötétebbnek (egyébként az egész napfolt hidegebb a fotoszféra 5800 K-es hőmérsékleténél). Napfoltok ott jelennek meg, ahol a fotoszférában megnövekszik a mágneses térerősség. Az umbra mágneses térerőssége a Föld felszínén lévőnek közel tízezerszerese.
A napfoltok száma nem állandó. Van, amikor csak kevesebb van belőlük, máskor pedig megszaporodnak. A maximális napfoltszám 11,2 évente jelentkezik. Ezután fokozatosan csökken a számuk, majd egy minimális érték után újra növekedni kezd. A két minimum között eltelt időt napfoltciklusnak nevezzük.
A naptevékenység legfontosabb jelenségei közé tartoznak a napkitörések. A napkitörés lényegében a kromoszféra (a naplégkör középső része) hirtelen kifényesedése a napfoltcsoportok felett, ami általában az UV-tartományban látható. A kitörés néhány perc alatt megy végbe, majd 20-100 perc alatt elhalványul. A kitörések alkalmával jelentősen megnövekszik a Nap rádió-, röntgen- és ultraibolya sugárzása. Ezenkívül részecskék tömege, főleg elektronok és protonok dobódnak ki. A kitörések oka még nem teljesen tisztázott, de szoros kapcsolatban állnak a napfoltok mágneses terének változásával. Éppen ezért a kitörések számát a napfoltok mennyisége erősen befolyásolja.