A fiú gyökereivel kapcsolatos első ötlet 1829-ből származik, amely szerint ő maga volt Baden fejedelme, aki 1812. szeptember 29-én született, ám a hivatalos beszámolók szerint október 16-án meghalt.
Egyesek úgy vélték, hogy Kaspar lehetett a Baden-ház eltitkolt örököse.
Ha ez igaz lenne, akkor a fiú apja, Károly, Baden nagyhercege és anyja, Stéphanie de Beauharnais (Stefánia bádeni nagyhercegné) lenne.
Az elmélet szerint az uralkodó herceg fia a trónra törő nagybácsi útjában állt, akinek helyére ezért születésekor egy beteges csecsemőt csempésztek. Az „álherceg" hamarosan meghalt, míg az igazit elrejtették a világ elől.
1876-ban Otto Mittelstädt azonban hivatalos iratok alapján mutatta be a bizonyítékait az elmélettel szemben. Elárulta a részleteket a herceg sürgős megkeresztelésével, boncolásával és temetésével kapcsolatban. Később, 1951-ben nyilvánosságra kerültek a nagyherceg anyjának levelei, amelyek mély részletességgel írtak a gyermek születéséről, betegségéről és haláláról.
A második népszerű teória szerint az árva fiú csak egy csaló volt, aki így menekült el a szegényes körülmények elől, ahová soha nem akart visszatérni. Bár ez az elmélet jóval észszerűbbnek tűnt, mégsem lett annyira népszerű, mint a királyi családhoz kapcsolódó történet. Néhány találgatás egészen Napóleon elveszett gyermekének titulálta Kaspart, mások Mária Terézia dédunokáját látták meg benne. Arról is hallani, hogy a fiút védelmezője, Lord Stanhope Magyarországra hozatta annak reményében, hogy fény derüljön származásának rejtélyére. Pozsonynál tovább azonban nem jutottak.
Kaspar Hauser ügyét az újabb és újabb technikák megjelenésével elkezdték újra kutatni.
Az árva fiú története iránti érdeklődés 1996 novemberében izzott fel újra, amikor a német Spiegel magazin egy hosszú írással próbálta meg lezárni a több mint egy évszázada zajló vitát, vagyis, hogy „ki volt Kaspar Hauser".
A cikk a legújabb tudományos vívmányra, a génvizsgálatra hivatkozva állította: „a Kaspar Hauser véréből vett minták megfellebbezhetetlenül igazolták, hogy az ifjú nem állt rokonságban a badeni uralkodóházzal." Az elemzést egy birminghami laboratóriumaiban végezték el, majd megerősítették a Müncheni Egyetem Jogi-Orvostudományi Intézetében.
Két év múlva újabb cikk látott napvilágot Németországban. Ez a tanulmány azt állította, hogy Kaspar Hauser minden kétséget kizáróan a Zahring-dinasztia trónörököse volt. A cikk szerzői azonban több módszertani hibát is elkövettek, így állításuk nem tekinthető megalapozottnak.
Ám a rejtélyes történet itt nem ér véget: 2002-ben a Münster Egyetem Törvényszéki Orvostudományi Intézete elemezte a Kaspar Hauserhez tartozó haj- és testsejteket. A hat különböző DNS-mintát összehasonlították Astrid von Medinger DNS-ével, aki Stéphanie de Beauharnais (Kaspar feltételezett anyjának) leszármazottja.
Bár az elemzett szekvenciák nem egyeztek meg egymással, de a megfigyelt eltérések nem voltak olyan nagyok, hogy kizárta volna a rokonságot. Ráadásul az eltéréseket mutációk is okozhatták.
A rejtélyt további DNS-vizsgálatok talán tisztázhatták volna, de a Baden család nem engedélyezte Stéphanie de Beauharnais vagy a gyermeke maradványainak vizsgálatát, így Kaspar Hauser titka és a családdal való esetleges rokoni kapcsolata továbbra is felderítetlen.