Kariya az 1993-as draft első körének negyedik helyén kelt el, egy újonnan alakult csapat, az Anaheim Mighty Ducks választotta ki. Fantasztikus tehetségnek tartották, akiben minden adott volt ahhoz, hogy különleges játékos váljon belőle: villámgyors volt, kreatív, technikás, jól látott a jégen, bomba lövéssel. Rögtön a második évében megkapta maga mellé játszótársnak a finn Teemu Selannét,
akivel innentől kezdve az NHL történetének egyik legikonikusabb duóját alkották.
Kariya fejét már ekkoriban is rengeteget támadták, a legemlékezetesebb eset Gary Suteré volt, aki le akarta fejezni Kariyát az 1998-as naganói téli olimpia előtt. Suter az amerikai csapat hátvédje volt, Kariya pedig a kanadaiak szélsője lett volna. Utóbbi végül nemcsak az ötkarikás játékokat, de az egész NHL-szezon hátralevő részét is ki kellett, hogy hagyja. Japán származása miatt különösen fájdalmas volt neki, hogy nem lehetett ott Naganóban, a mai napig élete egyik legnagyobb csalódásának titulálja.
Ez volt a negyedik agyrázkódása három éven belül. A csatár persze nem hagyta szó nélkül az esetet, kezdett betelni a pohár, többször is kritizálta az NHL-t, hogy nem védik eléggé a játékosokat és engedélyezik a fejre irányuló ütközéseket.
2001-ben Selannét elcserélte a Mighty Ducks, Kariya pedig egyedül maradt, de 2002-re összeszedte magát, tagja volt a Salt Lake City-ben győztes kanadai válogatottnak. Sőt,
az Anaheim fennállásának legnagyobb sikerét érte el 2003-ban, amikor bejutott a Stanley Kupa döntőjébe,
ezzel hatalmas meglepetést okozva. A négy győzelemig tartó fináléban az ellenfél, a New Jersey Devils vezetett összesítésben 3-2-re, a 6. mérkőzést Anaheimben rendezték, a Mighty Ducks-nak muszáj volt győznie. Aztán jött a Scott Stevens-expressz és a hokitörténelem egyik leghíresebb ütközése:
Az Anaheim behúzta a meccset, jöhetett a mindent eldöntő hetedik New Jersey-ben, amit végül a hazaiak nyertek. Kariya így nyilatkozott legutóbb a most már több mint 14 évvel korábbi eseményekről:
Semmire nem emlékszem. Sem az ütközésre, sem arra, hogy bemegyek az öltőzőbe, vagy hogy visszajövök. A gólra sem. Sőt, az egész hetedik meccs sincs meg. Nagyjából a teljes hatodik meccs és az azt követő két nap kiesett.
Mindenki emlékszik a góljára, csak ő nem. 48 másodpercig feküdt mozdulatlanul a jégen Stevens mészárlása után, és valószínűleg akkor sem volt teljesen magánál, amikor irgalmatlanul nagy gólt lőtt a világ legjobb kapusának, Martin Brodeurnek.
Az elveszített döntő után mind az ő, mind a San Joséban játszó Selanne szerződése lejárt, ők pedig a Colorado Avalanche-nél egyesítették erejüket újra, hogy bajnoki címet szerezzenek a bombaerős csapattal.