A korosztályos kontinensviadal után nem sok pihenőt kapott, hiszen máris megkezdhette a felkészülést pályafutása első élvonalbeli szezonjára, és augusztusban, egy héttel a 19. születésnapja előtt rögtön az első fordulóban bemutatkozott a francia első osztályban.
A csapat nyáron kinevezett szakvezetője, Guy David azonban inkább a rutinosabb focistákban bízott, és így bár Gallas több lehetőséget kapott, mint egy évvel korábban, a fiatal védő "mindössze" 18 bajnokin lépett pályára, amit ő személy szerint kevésnek érzett. Ezeken a meccseken viszont nem nyújtott rossz teljesítményt, hiszen klubja kiesése ellenére sem kellett visszatérnie a másodosztályba, mivel az AJ Auxerre és az Olympique Marseille is bejelentkezett érte, és a tehetséges futballista végül az OM ajánlatát fogadta el - a patinás egyesület ingyen szerezte meg.
Úgy tűnt tehát, hogy pályafutása sínen van, azonban egy adminisztrációs hiba miatt a marseille-iek nem regisztrálták kontraktusát a ligánál, így Gallas a szezon első felében nem léphetett pályára. Lehetősége lett volna ugyan visszatérni Caenba, de William úgy döntött, hogy inkább, ha amatőr státusban is, de marad az OM-nél, és a tartalékoknál tartja formában magát. Az egyesület erőnléti edzője, Roger Propos rendszeresen külön munkát végzett vele, és ennek meg is lett az eredménye, hiszen 1997 januárjában megkapta a profi kontraktust az Olympique-nél, és ezt már a szövetségnél is megfelelően regisztrálták.
A szezon hátralévő részében így is csak három mérkőzésen szerepelt, a következő pontvadászatban azonban Rolland Courbis mester rendre számításba vette őt - az esetek többségében a védelem jobb oldalán. Ráadásul Gallas immár a nemzetközi porondon is megmutathatta magát, hiszen az OM az UEFA-kupában szerepelt, és nem is akárhogyan: a gárda egészen a döntőig menetelt, és az odáig vezető úton a védő kilenc találkozón lépett pályára, azonban eltiltás miatt az AC Parma elleni finálét ki kellett hagynia - és a Marseille ki is kapott 3-0-ra.