Ezzel együtt az akkoriban az angol második vonalban szereplő Bolton Wanderers mestere, Colin Todd úgy érezte, hogy egy lehetőséget megér az egykori tehetség, és 1998 nyarán próbajátékra invitálta Gudjohnsent, aki a klub írországi túráján pályára lépett pár edzőmérkőzésen, és ez elég volt a boltoniaknak ahhoz, hogy leigazolják.
Eidurért egyetlen fontot sem kellett fizetni, ami nyilvánvalóan megkönnyítette, hogy szerződést ajánljanak neki, de eleinte Angliában is csak a tartalékok között játszott, ahol aztán első hat mérkőzésén három gólt ért el. Ennek köszönhetően 1998 szeptemberében a Birmingham City ellen bemutatkozhatott az első csapatban, de az angol másodosztály irama akkor még túl nagy volt neki, ráadásul még mindig nem volt a versenysúlyánál - amihez még egy térdsérülés is párosult. Így aztán további hónapokat volt kénytelen kihagyni, és csak az idény vége felé tudta ismét beverekedni magát az első csapatba.
Akkorra azonban már utolérte magát, és a Bolton drukkerei meglepődve látták, hogy a sokak által már leírt csatár elkezdi ontani a gólokat. A Swindon Town elleni találkozón csereként beállva előbb gólpasszt adott, majd a hajrában maga is betalált, kialakítva a 3-3-as végeredményt, három nappal később pedig a Barnsley FC ellen bombagólt szerzett. Az idényt végül öt találattal zárta, és a klub a hatodik helyen becsúszott a feljutásért vívott playoffba, amelynek elődöntőjében az Ipswich Town ellen Gudjohnsen góllal járult hozzá a továbbjutáshoz.
A döntőben a Wembleyben a Watford FC ellen aztán nem jött össze a nagy bravúr, Gudjohnsen több helyzetet is kihagyott, de a szurkolók ezzel együtt sem voltak túlságosan elkeseredve, hiszen még ilyen szereplést sem vártak a gárdától, ráadásul az izlandi csatár személyében egy új közönségkedvencre leltek.