Sérülés miatt ugyan a következő idényben csak a nyolcadik fordulóban lépett először pályára, de a folytatásban újfent alapember volt.
Az RC Deportivo ellen megszerezte első gólját az élvonalban (még ha sok öröme nem is volt benne, hiszen a galíciaiak 3-1-re nyertek), és a pontvadászatot végül három góllal zárta. Meghívták a spanyol U21-es válogatottba is, azonban a legtöbb szakértő úgy gondolta, hogy bár Xabi Alonso rendkívül tehetséges középpályás, az igazán extra teljesítmény hiányzik tőle. Nos, a következő pontvadászatban ezt is megkapták: a Sociedad a francia Raynald Denoueix-val a kispadon elképesztően rajtolt a bajnokságban, és ebben Alonso is főszerepet vállalt.
Igazi motorja volt a baszk együttesnek, amely féltávnál már hét ponttal vezetett a Primerában. Xabi decemberben a baszk válogatott színeiben elszenvedett bokasérülés miatt az év elején pár mérkőzést kénytelen volt kihagyni, de visszatérése után ugyanolyan bombaformában futballozott.
A legemlékezetesebb mérkőzése alighanem a Real Madrid elleni hazai 4-2-es diadal volt, amelyen bombagólt szerzett, de a bajnoki hajrában a Sevilla FC és a Valencia CF ellen is nagyon fontos találatok fűződtek a nevéhez. A Sociedad végül leszorult az első helyről, de ezüstérem is fantasztikus eredménynek számított a baszkok számára, hiszen ezzel kiharcolták a részvételt a Bajnokok Ligájában.