A harmincas években újra feltárták a labirintust, története innentől kezd igazán érdekessé válni. A második világháború alatt először óvóhelynek használták, egyszerre akár tízezer ember is megbújhatott itt, sőt ostrom idején még a postát is lehozták a járatokba. Időközben a német megszállók felügyeletével sziklakórház épült az alagútrendszerben, melyet kórtermekkel és egy tökéletesen felszerelt műtővel is elláttak.
A háború vége felé azonban valóságos halálgyárrá alakult a kórház: a fertőtlenítőszerek hiánya és a barlang levegőjében megtelepedett baktériumok miatt a nyílt sebbel kezelt betegeknek kevés esélyük maradt a túlélésre. A barlangkórházat egyébként meghagyták eredeti állapotában, a korabeli műszerek, műtőasztalok a mai napig ott hevernek a mélyben. A nagy nyilvánosság előtt egyelőre még nem nyitották meg a labirintus ezen részét, bár a nemrégiben Budapesten forgatott Underworld című filmben egy-két képkocka erejéig láthatóak volt a sziklakórház elhagyatott termei.
A háború vége felé a német hadsereg egy része a barlangrendszerbe menekült a szovjet felszabadítók elől, akik persze végül felfedezték a járatokat. Mivel az alagutakban nem lehetett lőfegyvereket használni, a szovjetek lángszórókkal vették üldözőbe az ellenséget, belegondolni is rossz, hogy milyen szörnyű halál várt a sarokba szorított németekre. A harmadik birodalom tízezres serege végül a Vérmező felé próbált kitörni a Várból, ez az ütközet azonban szintén rengeteg áldozattal járt: csupán hatszázan jutottak át a szovjet hadsereg védőgyűrűjén.
A második világháborút követő hidegháborús időszakban titkos katonai objektumként használták a labirintust, a mai napig sem lehet tudni, hogy milyen titkokat rejtett a föld mélye. Mivel az óvóhelyként is funkcionáló alagútrendszer továbbra is veszélyeztette a várnegyed utcáit és épületeit, a hadsereg kivonult a labirintusból, és a felújított járatokban egy barlangmúzeum kapott helyet. Ezt követően többször is bezárták, majd újra kinyitották a múzeumot, legutoljára 1996-ban újították fel, azóta zavartalanul látogatható.
A Budavári Labirintus minden nap 9.30 és 19.30 között tekinthető meg.