Lee Harvey Oswald végig tagadta, hogy ő lenne az elnök gyilkosa. Oswaldot a merénylet után két órával később a Texas Filmszínházban fogták el a nyomozók. November 24-én a kerületi kapitányság fogdájából a megyei fogdába akarták átszállítani a jószerével még ki sem hallgatott gyanúsítottat azzal az indokkal, hogy ott – úgymond – nagyobb biztonságban lesz. Az átszállítás időpontját – máig nem tudni kitől és hogyan –, megszimatolta a sajtó. A kerületi rendőrkapitány azonban ennek ellenére sem változtatta meg az átszállítás időpontját, sőt, a sajtóigazolvánnyal rendelkező újságírókat beengedte a kapitányság alagsorába, ahonnan Oswaldot a megyei börtönbe készültek átvinni.
Ugyan a maffiával szoros kapcsolatot ápoló büntetett és kétes előéletű Jack Ruby - egy szintén kétes hírű helyi éjszakai lokál tulajdonosa - nem rendelkezett újságíró-igazolvánnyal, ám mégis simán lejuthatott az alagsorba, ahol a nála lévő revolverrel hasba lőtte a nyomozók által közrefogott Oswaldot. (Tettének indokául az elnök halála miatt felháborodást jelölte meg.) Arra soha sem derült fény, hogy Ruby hogyan juthatott le az alagsorba. (Ruby a börtönben halt meg, 1967-ben.) Oswaldot a Parkland Kórházba vitték, ugyanoda, ahová két nappal korábban Kennedyt is, de az életét már nem tudták megmenteni.
Az elnök merénylőjének kikiáltott Lee Harvey Oswald úgy halt meg, hogy nem tett érdemi vallomást. Az utolsó szavai ezek voltak: „I am just a pasty – Én csak egy balek vagyok." A képviselőházi vizsgálóbizottság álláspontja szerint a Warren-bizottságnak az volt az egyik legsúlyosabb mulasztása, hogy egyáltalán nem foglalkozott a merénylet, valamint Ruby tettének valós motívumaival.
A képviselőházi vizsgálóbizottság 1979-ben összeállított zárójelentése kizártnak tartotta a magányos elkövető addig hivatalos verzióját, és arra a következtetésre jutott, hogy az elnök egy valószínűsíthető összeesküvés áldozata lett. Abban viszont már nem mentek bele, hogy kik lehetnek és milyen körökből jöhettek a potenciális összeesküvők, tág teret hagyva így a további konteós találgatásoknak és összeesküvés-elméleteknek. Az egyik feltevés szerint az elnök halálának hátterében a szövetségi nyomozóiroda, az FBI nagy hatalmú igazgatója, a Kennedyvel együtt hat elnököt kiszolgáló J. Edgar Hoover állhatott, akit – finoman fogalmazva - nem valami szívélyes viszony fűzött a Kennedy-családhoz.
Hoover szívből gyűlölte a katolikus John F. Kennedyt (mindmáig az Egyesült Államok egyetlen katolikus elnökét), ami súlyos konfliktusok egész sorához vezetett az FBI-főnök és az elnök között. Hoover rendelkezett egy titkos dossziéval,
amelyben az elnök meglehetősen viharos magánéletére vonatkozó adatokat gyűjtötte.
Az FBI igazgatója titkos, törvénytelen nyomozással kiderítette, hogy Kennedy egyik csinos szeretője, a 26 éves Helena Rometsch a nyugatnémet állampolgársága ellenére valójában a keletnémet kommunista titkosszolgálat, a Stasi ügynöke, akinek az elnök a szerelmi légyottokon komoly államtitkokat is kifecseghetett. De nemcsak erről, hanem az elnök más nőügyeiről is tudott, köztük a világhírű filmszínésznőhöz és hollywoodi dívához, Marylin Monroehoz fűződő románcáról is.
Amikor Monroe 1963-ban máig vitatott körülmények között meghalt, Hoover elérkezettnek látta az időt arra, hogy hírbe hozza a díva halálával kapcsolatban az elnököt. Erre azonban nem került sor, mert Kennedy is tudott Hoover ellene folytatott machinációiról. 1963 nyarán váratlanul az Ovális Irodába rendelte az FBI-főnököt, ahol öccse, az igazságügy-miniszteri posztot viselő Robert Kennedy jelenlétében hatszemközti megbeszélést folytatott Hoover igazgatóval. Hogy mi hangozhatott el nem tudni pontosan,
csak annyi tény, hogy a beszélgetés után Hoover rendkívül feldúltan viharzott el a Fehér Házból.
Az FBI-konteó hívei szerint Hoover egyfajta személyes bosszúként a helyettesével, Clyde Tolsonnal együtt tervezte meg a dallasi merényletet, persze, erre mind a mai napig nem került elő semmilyen konkrét bizonyíték.
Egy másik összeesküvés-elmélet szerint a magánkézben álló szövetségi nemzeti bank, a FED (Federal Reserve System) rendkívül befolyásos és nagy hatalmú urai állhattak a Kennedy-gyilkosság hátterében. Kennedy ugyanis 1963 júniusában a FED kikerülésével arra utasította a pénzügyminisztériumot, hogy az állami ezüsttartalék fedezetként való felhasználásával bocsásson ki saját hatáskörben mintegy 4,5 milliárd dollárnyi (akkori árfolyamon számolva, a szerk.) értékű bankjegyet. A FED vezetői és tulajdonosi köre az elnök e „barátságtalan" lépését úgy értékelték, hogy Kennedy a szervezet mindenhatóságának felszámolásával a pénznyomtatás jogát állami kézbe akarja visszavenni.
Mivel ez nagyon komoly pénzügyi érdekeket sértett, az érintett körök úgy döntöttek, hogy az elnököt eltetetik láb alól – vélekednek a FED-konteóban hívők.
Szóba jött még a Cosa Nostra is, mint a dallasi gyilkosság végrehajtatója.
Az elnök nyíltan meghirdette, hogy egyszer és mindenkorra véget vet Amerika legerősebb és legnagyobb bűnszervezete, a Cosa Nostra hatalmának, amit a keresztapák nem nézhettek tétlenül- vélik a Cosa Nostra-konteósok. Felvetődött még a kubai és a szovjet titkosszolgálat feltételezett szerepe is az elnökgyilkosságban, de erre ugyanúgy nincs bizonyíték, mint a többi összeesküvés-elméletre.
Noha a Warren-bizottság vizsgálati anyagának legnagyobb része ma már hozzáférhető, de a nagy kérdés megmaradt: mit tartalmazhat vajon az a mintegy négyezernyi oldal, amelyre változatlanul érvényes a 75 éves titkosítási záradék. Talán 2039-ben megtudjuk.