A rabok által „Aréna"-ként is emlegetett férfibörtönt
1852-ben alapították, kezdetben 68-an raboskodtak benne. Itt található az egyesült államok legnagyobb siralomháza,
ahol a legszigorúbb büntetéssel, a kivégzéssel néztek szembe a rabok.
A börtönben gázkamra is található, de
1996 óta méreginjekcióval hajtják végre a kivégzéseket, de 2006 óta erre sem volt példa.
Egyik leghíresebb vezetője Clinton Duffy volt, aki 1940 és 1952 között volt az intézmény igazgatója. Duffy rendkívüli reformokat hajtott végre a börtön működésében.
A korábbi, erőszakos, embertelen büntetési módszereken úgy kívánt enyhíteni, hogy a visszaélésre hajlamos börtönőröket elbocsátotta, és a rabok fizikai és mentális egészsége érdekében könyvtárost, pszichológust, és sebészeket alkalmazott az épületben.
1944-ben megszüntették a vallatási céllal történő kínzásokat, azonban a San Quentin még így is Amerika egyik legkegyetlenebb börtöne maradt.
A hírhedt bűnöző Lawrence Singleton, aki megerőszakolt egy tizenéves lányt és levágta az alkarját, 1987 és 1988 között egy évet töltött feltételesen szabadlábon egy lakókocsiban a börtön területén, ugyanis miután feltételesen szabadlábra került, a kaliforniai városok nem fogadták be.
Egy 2005-ös bírósági jelentés szerint a börtönt elavultnak, piszkosnak, és korszerűtlennek nyilvánították,emellett hiányos volt a felszereltsége. Ugyanebben az évben kirúgták az igazgatót, aki fegyelmi eljárással fenyegetett egy orvost, miután az ügyvédekkel beszélt a börtönben fennálló egészségügyi állapotokról.
2007-re egy új baleseti központ nyílt a börtönben, és egy új, 175 millió dolláros klinika építését tervezték az épületen belül.
A 2020-as Covid-járvány kitörése a San Quentint sem kímélte.
Miután egy másik kaliforniai börtönből áthelyeztek egy csoportnyi rabot, akikről biztosan állították, hogy a tesztjük negatív lett, holott a nagy részüket meg sem vizsgálták.
2022 februárjában Gavin Newsom kaliforniai kormányzó bejelentette, hogy két éven belül felszámolják a halálbüntetéseket a San Quentin falain belül. Jelenleg több mint 700 rab vár a kivégzésére
a börtönben, akiket más intézményekbe fognak átszállítani.