Szapolyai János Zsigmond István, közkeletű nevén János Zsigmond, a később II. János néven megválasztott király 1540. július 7-én született Budán. Világra jötte csak néhány nappal előzte meg édesapja, Szapolyai János magyar király halálát, így soha nem találkozhatott vele.
A 16. században tekintélyes életkornak számító 53 éves Szapolyai János a fia születésekor éppen Erdélyben tartózkodott, hogy leverje az ellene lázadó erdélyi vajdák seregeit.
A király a szászsebesi katonai táborban tudta meg, hogy az egy évvel korábban feleségül vett, lengyel uralkodócsaládból származó Jagelló Izabella megajándékozta egy fiú örökössel.
Az akkoriban már sokat betegeskedő király azonnal lóra pattant, ám szíve nem bírta a fizikai megerőltetést. Betegágyán komoly, a történelem kerekét jól megforgató döntést hozott: bár tudta, hogy az 1538-ban megkötött váradi egyezményben szavatolta, hogy a halála után a nyugati területeket birtokló Habsburg I. Ferdinándra hagyja országrészét (hogy véget vessen a magyarságot megosztó polgárháborúnak),
végül mégis a fiát választotta örökösének, akinek sorsát két bizalmasára, Fráter Györgyre és Petrovics Péterre bízta.
Izabella királyné 21 évesen maradt özvegyen az alig kéthetes csecsemőjével, de nem esett kétségbe.
János Zsigmondot két hónappal később - apja végakarata szerint - magyar királlyá választották Rákos mezején, de a megkoronázása elmaradt. Gyámjává anyját, Izabellát nevezték ki, aki mellé a fiú nagykorúságáig kormányzótanácsot állítottak.
Megválasztása meglehetősen nagy káoszt okozott a politikában, ezért sokan nem ismerték el királynak.
Úgy is fogalmazhatunk, hogy a csecsemő János Zsigmond királlyá választása a lehető legrosszabb, legkritikusabb helyzetben történt, amikor az ország szétszakadása már folyamatban volt: a Habsburgok és a törökök is megpróbálták rátenni a kezüket az ország fővárosára, Budára.
A magyar belviszályt használta ki az 1541 augusztusában a hadserege élén Buda alá érkező Szulejmán szultán, aki hamarosan "pártfogásába vette" és a „fiává" fogadta a kis Jánost
akit a török krónikákban a nálunk nem használatos harmadik keresztnevén, "Istvánként" emlegetnek.
Az oszmán uralkodó az óbudai táborába meghívott magyar urakkal közölte, hogy I. János király özvegyét, gyermekét és Buda várát „megvédelmezi" a Habsburgokkal szemben. Erre hivatkozva Izabella királynét és a csecsemő János Zsigmondot Erdélybe száműzte azzal az ígérettel,
hogy amikor a királyfi húszéves lesz, visszaadja neki Buda várát és a Magyar Királyságot.
Az erdélyi rendek később hűségesküt tettek János Zsigmondnak, aki a politikai játszmák kereszttüzében lassan fiúvá, majd férfivá cseperedett. Ekkor még nem tudhatta, hogy uralma rövid életű lesz.
A középtermetű János Zsigmondot inkább a szellemi tudományok érdekelték és kevesebb időt töltött fizikumának erősítésével. Nem igazán érdeklődött a hadvezetés vagy a vívás iránt, amiben néhány történelmi feljegyzés szerint édesanyja neveltetése is közrejátszhatott.
A harcművészetek közül egyedül a lovaglás kötötte le érdeklődését és vadászni is szeretett, többnyire íjjal.
A szőke és jóképű uralkodóról az a hír járta, hogy „testileg és lelkileg is fejedelmi alkat", aki mindig megnyerő modorban tudott társalogni. Folyékonyan beszélt magyarul, olaszul, németül, latinul, lengyelül és románul, de egy kicsit tudott görögül, sőt, törökül is. Tudatosan megtanulta az Erdélyben élő népek nyelvét, és a török követtel is igyekezett a saját anyanyelvén társalogni.
Mélyen érdeklődött a vallás és a filozófia iránt, hosszan tudott idézni a Bibliából és bátran bonyolódott vitába a külföldről érkező teológusokkal.
Műveltségén kívül híres volt türelméről és igazságosságáról, amire nagy szüksége is lett a következő években. Miközben az ország középső területén egyre szélesedett a török hódoltság, a gyermekkori gyámjául kijelölt Fráter György is mindinkább szembe helyezkedett az özvegy királynéval.
A háttérben azonban nem csendesedtek a politikai cselszövések, ami miatt 1551-ben az özvegy királynénak és fiának távoznia kellett Erdélyből. A béke érdekében János Zsigmond végül önként lemondott a koronáról.
Ekkor kezdődött Habsburg Ferdinánd ötéves uralma, ami azonban a gyengekezű, csupán a saját hatalmát megerősíteni szándékozó intézkedései miatt hamar kiábrándította a magyarokat és a székelyeket.
Az eseményeket figyelemmel kísérte János Zsigmond és Izabella is, akik Lengyelországban töltötték a száműzetés éveit és várták a visszatérés lehetőségét.
Erdélyben világossá vált, hogy a Habsburgok nem fogják megvédeni "tündérországot" a török fenyegetéstől, ezért egyre többen követelték János Zsigmond visszatérését. Úgy gondolták, talán még fiatal, de legalább igazi fejedelmük lesz, aki képes lesz megszervezni az országrész védelmét. Végül lehetővé vált, hogy 1556 októberében,
a törökök hozzájárulásával hazahívják az ifjú uralkodót: a magyar rendek Báthory István vezetésével, kitörő örömmel fogadták őt és édesanyját Kolozsváron.
A mindössze 16 éves János Zsigmond helyett azonban mást, a becsvágyó anyját kapták. A következő években Izabella kormányozta Erdélyt, aki nem szerzett túl nagy népszerűséget magának az intézkedéseivel.
Néhány év múlva minden megváltozott: a királynő hirtelen meghalt és a halála körül keringő számos pletyka között felmerült a mérgezés illetve egy balul elsült abortusz lehetősége is.
János Zsigmond ezután Erdély első fejedelme lett, de ismét meglehetősen zavaros időkben kezdte meg uralkodását.
Nehéz helyzetbe került, hiszen
sem I. Ferdinánd, sem az őt követő I. Miksa nem mondott le Erdély visszahódításának lehetőségéről.
A Habsburgok céljukat a fegyveres erő mellett a belső elégedetlenség szításával próbáltak meg elérni. A fiatal fejedelemre tehát számos veszély leselkedett: nehezen megszerzett hatalmát felkelések, lázadások, és külső támadások is nehezítették.
A harcok éveken át váltakozó szerencsével zajlottak, amikor 1566-ban Szulejmán újra Magyarországra jött. Az idős szultán még a szigetvári ostrom előtt, Zimonynál találkozott János Zsigmonddal és a korabeli feljegyzések szerint még mindig nagyon rokonszenvezett az ifjúval.
Szulejmán halála után azonban további bizonytalan idők vártak Magyarországra, és Erdély sorsa is számtalanszor csak a hajszálon függött.
Az új szultán, II. Szelim - akit a kortársai élvhajhászsága, italozása és tehetetlensége miatt maguk között csak "korhelyként" gúnyoltak -, az apjánál jobban hajlott a Habsburgokkal való egyezségre. I. Miksa és II. Szlim 1568-ban megkötötték a drinápolyi békét. A megállapodásban többek közt rögzítették, hogy Erdély a szultán oltalma alatt álló ország, egyben felfüggesztették a hadi cselekményeket, és határoztak az újabb várak építésének tilalmáról.
Két év múlva II. János lemondott a választott magyar királyi címről, és helyette a princeps, azaz a fejedelem titulust vette fel;
ezért cserébe Miksa elismerte, hogy fiú utódai örökölhetik majd a fejedelemséget. Kitételként azonban megszabta, hogy ha János Zsigmondnak nem lesz örököse, akkor Erdély „visszaszáll a magyar királyra". Miksa reménye be is teljesedett mert az uralkodó soha nem házasodott meg, ezért örökösei sem születtek.
János Zsigmond egész életében igyekezett igazságosan uralkodni és ettől a gyakran zavaros politikai helyzet sem tudta eltántorítani. Fiatal kora ellenére állandóan betegségek gyötörték, ami miatt évről-évre egyre mélyebbé vált vallásossága.
A 16. század vallási reformmozgalmai, de leginkább a protestantizmus térnyerésének és politikai felértékelődésének jegyében az ifjú fejedelem 1562-ben elhagyta a katolikus vallást.
János Zsigmond előbb lutheránus (evangélikus), majd kálvinista (református) hitre tért, végül 1569-ben az unitárius, más néven antitrinitárius (szentháromság-tagadó) egyház híve lett,
amelyet az 1568. évi tordai országgyűlésen a már korábban egyenjogúsított lutheri (1557) és kálvini irányzat (1564) mellett a bevett keresztény hitfelekezetek közé emeltek.
János Zsigmond Európában elsőként szüntette meg a hivatalos államvallást, és vallásszabadságot hirdetett.
Az erdélyi országgyűlés 1557. június 1-jén a lutheránus hitfelekezet emancipációja mellett kimondta,
hogy mindenki olyan hitben élhet, amilyenben akar,
és a fejedelem lehetőséget biztosított a templomok közös használatára is.
János Zsigmond 1571. március 14-én, a speyeri szerződés ratifikálása után négy nappal hunyt el.
Halálát napokig titokban tartották és csak két hónap múlva, az unitárius egyház szertartása szerint temették el Gyulafehérváron. Neve azonban nem merült feledésbe: neki köszönhetően mondták ki Európában a lelkiismeret és vallásszabadság törvényét, ami mérföldkőnek számít az emberiség történelmében.