A kutatóeszközt a Kennedy Űrközpontból indították útnak az Atlantis űrrepülőgéppel (STS–30), és 1990 augusztusában állt Vénusz körüli pályára.
Az űreszköz egyik különlegessége, hogy részben más misszióknál felhasznált szondák tartalék alkatrészeiből állították össze.
Példának okáért a radarantennáját a Voyager-küldetés során használták tesztelésre, míg a fedélzeti számítógép a Jupitert megcélzó Galileo-küldetés egyik póteszközeként szolgált. Hogy tovább csökkentsék a költségeket, valamint a szonda tömegét, az antennát két célra is használták: egyrészt ennek segítségével tartották a kapcsolatot a szondával, másrészt a Vénusz felszínéről visszaverődő radarjeleket fogta.
A Naprendszer második bolygójának tanulmányozása nem egyszerű feladat, mivel főként szén-dioxidból álló atmoszférája elképesztően vastag, és a kutatók csak speciális eszközökkel tudnak keresztüllátni a felhőkön. A felszínről az eddigi legpontosabb képeket a Magellan készítette az elsősorban térképezésre használt úgynevezett szintetikus apertúrájú rádiólokátorral (angolul Synthetic Aperture Radar, SAR). A technika – amelyet legelőször a szovjet Venyera-15 és -16 űrszondák használták 1983-ban - lényege, hogy a felbontást vagy egy nagyobb területen elhelyezett több, kis rádiólokátorral növelik meg, vagy a megfigyelt terület felett a radart mozgatják.
A mozgó radar, vagy a több helyen elszórt radarok által észlelt jelekből megfelelő feldolgozás után olyan felbontású képet kapnak, mintha egyetlenegy, nagyméretű radarral állították volna elő.
A radarképekből a kutatók azt a következtetést vonták le, hogy a Vénusz felszíne a Merkúréhoz képest jóval fiatalabb, és csak kevés becsapódási kráter tarkítja.
Ez a furcsaság arra vezethető vissza, hogy nagyjából 500 millió évvel ezelőtt egy ismeretlen hatás miatt a láva átformálta a bolygó geológiai viszonyait. A planétán mai napig lehetnek aktív vulkánok, habár pontosan nem tudni, mennyien vannak: egyes kutatók néhány százra teszik a számukat, más tudósok viszont úgy vélik, a tűzhányók valósággal hemzsegnek az égitesten, és akár több millióan is lehetnek.
A mérnökök 1994-ig terveztek a szondával, ekkor már több műszere nem működött megfelelően. Az utolsó, felső légkör sűrűségének megismerését lehetővé tévő mérésre 1994 szeptemberében, a Szélmalom-kísérlet keretében került sor. 1994. október 11-én a Magellan földi utasításra csökkenteni kezdte pályamagasságát, belemerülve a Vénusz légkörébe. Október 12-én minden kapcsolat megszakadt a szondával. Másnap a sűrű atmoszférában elégett.
Négy évig tartó küldetése alatt a NASA műholdja 15 000-szer kerülte meg a Vénuszt.