A most 41 éves Puertának többször is meggyűlt a baja a doppingszerekkel. 2003-ban kétévre eltiltották, miután klenbuterolt mutattak ki a leadott mintájában. Végül csak kilenc hónapra kellett felhagynia a tenisszel. Visszatérve azonban remek formában volt, és 2005-ben egészen a Roland Garros döntőjéig menetelt, ahol csak Rafael Nadaltól kapott ki. Ez volt Puerte karrierjének egyetlen GS-fináléja.
Az év decemberében azonban ismét eltiltották, miután a párizsi döntő után leadott mintájában etilefrint mutattak ki. Visszaesőként a lehető legsúlyosabb, nyolc évre szóló eltiltást szabta ki rá az ATP, ami egyet jelentett volna az akkor 26 éves játékos karrierjének a végével. Puerta fellebbezett, az ügy a CAS elé került, ahol elmondta, hogy véletlenül ivott bele a felesége kulacsába, aki a menstruációs görcsök enyhítésére alkalmas alkalmas gyógyszert szedett, és ennek a hatóanyagát mutathatták ki nála. A CAS elfogadta a védekezést, és Puerta csak két év eltiltást kapott.
Csakhogy az egykori éljátékos (a Garros után egészen a 9. helyig jutott az ATP ranglistáján)
most elárulta, hogy mindebből egy szó sem volt igaz, azaz hazudott a sportdöntő-bíróság előtt.
A mesét az ügyvédje, a 2014-ben meghalt Eduardo Moliné O'Connor találta ki, mert tudta, hogy nem tudnák másik hihető sztorival előállni.
"A védekezésünk hazugság volt. A pályán semmilyen előnyöm nem származott ebből, és nem akarok hazugságban élni tovább. Nem tudtunk mit tenni. Azokat a tablettákat valahol vettük, már fogalmam sincs, hol... mindenesetre nem legális úton. Az ügyvédem pedig úgy gondolta, hogy nem lenne jó ötlet, ha ezt elmondanánk" – mondta Puerta.