Közel állnak hozzá a liberális gondolatok, és fontosnak tartja, hogy belépjen az SZDSZ-be, hisz már 10 hónapja vesz részt az egészségügy átalakításában mint a párt által jelölt államtitkár, illetve miniszter - jelentette be pénteken Horváth Ágnes egészségügyi miniszter a Magyar Televízió Nap-kelte című műsorában. Mint mondta, szimpátiából lép be a pártba, de nem tervez pártbeli munkát, mert minisztersége mellett erre nem lát esélyt.
Hováth 2006 nyarán lett az egészségügyi tárca államtitkára, majd Molnár Lajos miniszter április 6-i távozása után az SZDSZ ügyvivői testülete őt javasolta a megüresedett posztra. A bizottsági meghallgatás után Horváth április 23-án tette le a miniszteri esküt.