Az 1938. szeptember 29-én Münchenben aláírt négyhatalmi megállapodással a nyugati hatalmak képviselői, - Neville Chamberlin brit, valamint Édouard Daladier francia miniszterelnök -,
a háború elkerülése érdekében elfogadták Adolf Hitler területi követelését, és hozzájárultak Csehszlovákia felosztásához.
A müncheni paktum alapján a Szudétavidék német többségű területei a Harmadik Birodalomba olvadtak. A müncheni szerződés arra kötelezte a csehszlovák államot, hogy kezdjen tárgyalásokat a magyar illetve lengyel területi igények rendezéséről is.
Az 1938. november 2-i első bécsi döntés valamivel több, mint 12 000 négyzetkilométernyi területet csatolt vissza Magyarországhoz.
Adolf Hitler azonban már 1938 decemberében elhatározta, hogy a maradék Csehszlovákiát is felszámolja.
Hitler ehhez a szlovákok hőn áhított önálló államiság iránti vágyát is igyekezett kihasználni.
Közvetlenül a csehszlovák bevonulás előtti napon, 1939. március 13-án közölte a Szlovák Néppárt Berlinbe meghívott elnökével, Jozef Tisoval,
hogy itt van a soha vissza nem térő alkalom az önálló Szlovákia megteremtésére. A Führer kifejtette a szlovák politikus előtt, hogy amennyiben a szlovákok elszalasztják a kínálkozó lehetőséget, úgy a várható további magyar és lengyel területi követelések miatt már nem lesz abban a helyzetben, hogy kiállhasson az önálló Szlovákiáért.
1939. március 14-én, aznap amikor a német csapatok bevonultak Prágába, a pozsonyi parlament egyhangú szavazással kikiáltotta az önálló Szlovák Köztársaságot, és Jozef Tisot tette meg kormányfőnek.
Az 1939 október 26-án államfőnek megválasztott Tiso rendszere hosszú ideig igen népszerű volt; többek között a komoly német hadiipari beruházásoknak is köszönhetően egészen 1943 végéig jólét uralkodott az országban. A németek támogatásával létrejött Szlovákia azonban Hitler lekötelezettje maradt, hiszen szuverenitása legnagyobb részt a Führertől függött.
Az1939. október 28-án miniszterelnökké kinevezett VojtechTuka nemzetiszocialista programot hirdetett meg,
és a többpárti berendezkedés ellenére, Szlovákia erősen németbarát, autoriter rendszer volt. A szlovák állam az első naptól fogva részt vett az 1941. június 22-én a Szovjetunió ellen indított Barbarossa-hadműveletben, és mindenben kiszolgálta a német igényeket.
1943-ban Németország számára végleg megfordult a hadiszerencse, és a Harmadik Birodalomnak egyre súlyosodó katonai válsággal kellet szembenéznie. Sztálingrád és Kurszk, valamint a szövetségesek szicíliai partraszállása, Mussolini bukása, továbbá az egyre nagyobb keleti területfeladások mind-mind a Reich fokozódó válságát jelezték.
1943 végén a Vörös Hadsereg egyre jobban megközelítette a Kárpátok vonalát, és ez fokozódó nyugtalansággal töltötte el a szlovák katonai vezetés józanul gondolkodó parancsnokait.
A katonai vezetők többsége bizonyosnak látta Németország vereségét,
és ezért indokoltnak tartotta Szlovákia felkészítését egy frontváltásra, az ország szuverenitásának megőrzése céljából.
A frontváltás koncepciója szerint , amikor a szovjet haderő a Kárpátok előterébe érkezik, a Duklai-szoros megnyitásával kell lehetővé tenni a Vörös Hadsereg egységeinek rajtaütésszerű bevonulását, ami elengedhetetlen az átállás sikeréhez, a németek lefegyverzéséhez és Tiso megbuktatásához.
A hadsereg vezetésén belül Ján Golian alezredes volt az egyik legtevékenyebb szervező;
szívós erőfeszítéseinek köszönhető, hogy Besztercebányán, a későbbi felkelés központjában nagy mennyiségű hadianyagot és készleteket sikerült felhalmozni.
A terv részeként két hadosztályt Eperjes térségébe vezényeltek, formálisan a Wehrmacht egységeinek támogatására,
de azzal a valós, titkolt céllal, hogy amikor eljön az idő, ezzel a két magasabb egységgel nyissák meg és biztosítsák a Duklai-szorost.
Az átállási tervbe a legmagasabb katonai vezetők, így Ferdinand Catlos tábornok, a vezérkar főnöke is be voltak avatva. Catlos tábornok titokban a részleteket is egyeztette Moszkvával. Az átállás katonai tervének a legmegfelelőbb időben történő levezénylését azonban meghiúsította az időközben kitört nemzeti felkelés.
1943 nyarától, a hadi helyzet romlásával párhuzamosan kezdett kibontakozni a szlovákiai partizánmozgalom.
A partizánalakulatok meglehetősen heterogén társaságot alkottak:
akadtak köztük szép számmal polgári meggyőződésűek valamint németellenes konzervatívok és nacionalisták ugyanúgy, mint mérsékelt baloldaliak és kommunisták.
Mindez komoly zavarokat okozott a partizánegységek koordinálásában; a polgári-konzervatív meggyőződésűeket az Eduard Benes irányította londoni emigráns kormány igyekezett a befolyása alá vonni, a kommunistákat pedig a Klement Gottwald vezette moszkvai emigráció.
A Szlovák Kommunista Párt irányítása alatt álló partizánegységek komoly szovjet támogatást kaptak,
ők az egész partizánmozgalom feletti befolyást akarták megszerezni. A katonai vezetés komoly szerepet szánt a partizánoknak, de csak akkor, ha alárendelik magukat a hadvezetésnek.
A Szlovák Kommunista Párt azonban hallani sem akart arról, hogy a befolyása alatt álló partizánalakulatok a hadsereg irányítása alá kerüljenek.
Ez a széthúzás pedig végzetesnek bizonyult a felkelés kimenetele szempontjából.
A magukat önállósított kommunista partizánok - senkivel sem egyeztetve – 1944. augusztus 27-én megszállták Rózsahegyet a helyi laktanyában állomásozó, és a partizánokhoz átállt katonai egység segítségével.
A város elfoglalása után véres pogromba kezdtek a helyi német nemzetiségű lakosok között,
és több tucat civilt lemészároltak. Augusztus 28-án Túrócszentmártonban rajtaütöttek a Bukarestből állomáshelyükre visszatérő, Walter E.A. Otto Wehrmacht alezredes vezette 24 fős tiszti csoporton, és valamennyiüket megölték.
Másnap, augusztus 29-én a németek az országban állomásozó Wehrmacht és SS egységek bevetésével megkezdték Szlovákia megszállást.
Ezt már korábban is fontolgatta Berlin, a németellenes partizánakciók jelentették az utolsó cseppet a pohárban.
A felkelés tervébe beavatott egységparancsnokok várták a jeladást. Ehelyett azonban az átállás katonai vezetőjének kiszemelt Ferdinand Catlos tábornok este hét órakor elhangzott rádióbeszédében mindenkit hazaárulónak nevezett, aki szembeszáll a németekkel.
Beszéde óriási zavart keltett a felkelők körében.
Észlelve a fokozódó zűrzavart , este nyolc órakor végül Ján Golian alezredes adta ki a parancsot az ellenállás megkezdésére.
A felkelés már az első pillanatoktól fogva nem úgy sikerült, ahogyan eltervezték.
Golian parancsa ellenére, a nyugati országrészben állomásozó haderő megtagadta az engedelmességet.
Az átállásban kulcsfontosságú szerepre szánt, és Eperjesen állomásozó összevont két hadosztály parancsnoka, Villiam Talsky tábornok a kritikus pillanatokban a határon túli szovjet parancsnokságra repült, távollétében pedig a németek gyorsan lefegyverezték a parancsnok nélkül maradt alakulatokat.
Az eperjesi hadosztályok lefegyverzésével a felkelők elvesztették két legütőképesebb magasabb egységüket, és ezzel meghiúsult a határnyitás lehetősége is. A felkelés központja Besztercebánya lett.
Csak az ország középső részén állomásozó alakulatok csatlakoztak a felkelőkhöz.
Az elkapkodott és rossz időzítés, valamint a szervezetlenség a németek malmára hajtotta vizet, az első napoktól övék volt a harcászati kezdeményezés. Csak a szeptember 8. után kibontakozó és jelentős német erőket lekötő kárpát-duklai hadműveleteknek volt köszönhető, hogy a felkelők közel két hónapig kitartottak.
A budapesti 1944. október 16-i nyilas hatalomátvétel után a németek Magyarországról átdobott egységekkel erősítették meg a felkelőkkel harcban álló csapataikat.
Az ellenállás utolsó tűzfészkeit október 27-én Besztercebánya elfoglalásakor számolták fel.
Jozef Tiso államelnök október 30-án meglátogatta a „felszabadított” várost, és kitüntetett néhány, a város visszafoglalásában részt vett SS katonát.
Tiso a díszszemle megtekintése után megtartott beszédében nyilvános köszönetet mondott Hitlernek és Himmlernek a „baráti segítségért”. A felkelés a civilek közül követelte a legtöbb áldozatot, hozzávetőleg 12 000 főt, akiket a partizánok és az SS alakulatai gyilkoltak meg.
(A tisztogatásokban részt vett a hírhedt SS Dirlewanger rohamdandár, de szlovák részről a Hlinka-gárda is.) A németek összesen 4200 katonát, a felkelők pedig 1720 főt veszítettek. Augusztus 29-e, a szlovák nemzeti felkelés napja, nemzeti ünnep Szlovákiában.