Afonso Alves 2001-ben az Atlético Mineiróban kezdte profi pályafutását, de a hazai bajnokságban mindössze hat mérkőzés jutott neki. 2002-ben a svéd Örgryte szerződtette, miután 39 meccsen 28 gólt szerzett, leigazolta a Malmö, majd két évvel később a Heerenveen.
A holland klub színeiben 39 bajnokin 45 gólig jutott, első szezonjában 34 találattal gólkirályi címet nyert, ő lett Romário és Ronaldo mögött a harmadik brazil, aki Hollandiában ilyen magaslatig jutott.
2007. október 7-én is klubcsúcsot ért el, amikor a Heracles Almelo elleni 9-0-s bajnokin hétszer talált az ellenfelek kapujába.
Miután edzésre nem szeretett járni, a Heerenveen vezetői kaptak az alkalmon, és 2008 januárjában 20 millió euróért eladták az angol Middlesbrough-nak. Ott már csupán 10 gólig jutott, onnan egyenes út vezetett a Közel-Keletre, ahol három katari klubban már csupán levezetett.
Afonso Alves a brazil válogatottban nyolc mérkőzésen léphetett pályára, 2007-ben tagja volt a Copa América-győztes együttesnek is.